さくらのレンタルサーバーでOptions -Indexesが使えない

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Overrideできないっぽい。

で、ファイルマネージャからは設定可能。

ファイルマネージャ->表示アドレスへの操作->アクセス設定->indexファイル->フォルダが存在しない場合の動作

を「アクセスを拒否する」にし、indexファイルの名前を適当に指定すればOK。
当該ディレクトリの.htaccesに設定が追加される。