参考：IISマネージャーからアプリケーションインポートしたら、アプリケーションプールのエラーが出た – minato128のブログ

まさにこれ。

• msdeployはデプロイ先のアプリケーションプールの.NETバージョンとデプロイ対象アプリのバージョンが一致しているかチェックする
• IISに4.5をインストールしていたとしても、設定できるのはv4.0
• VS2010のtargetは4.5に対応していないのか、この状況ではエラーを吐いてデプロイできない

使用しようとしているアプリケーション プールでは、’managedRuntimeVersion’ プロパティが ‘v4.0’ に設定されています。このアプリケーションには ‘v4.5’ が必要です。

• /t:Packageでデプロイパッケージを作る際のmsbuildオプションに/p:VisualStudioVersion=11.0 (2013は12.0なのかな？)をつければVS2012のtargetを使用するようになるらしく、エラーを吐かずに正常にデプロイ出来るようになる