参考：ClickOnceアプリケーションをブラウザに読み込んだ HTML 上のスクリプトから起動する際のIEの設定について – Visual Studio サポート チーム blog – Site Home – MSDN Blogs

• 「ファイルのダウンロード時に自動的にダイアログを表示」が有効でなければならない
• 「インターネット」、「信頼済みサイト」ゾーンでは既定で無効
• レベル「中低」が既定値である「ローカルイントラネット」ゾーンは既定で有効
• IE6～8はインターネットオプションから変更可能
• IE9以降はレジストリの編集が必要

-例：信頼済みサイトの [ファイルのダウンロード時に自動的にダイアログを表示] のレジストリ情報
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レジストリキー : HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Windows\CurrentVersion\Internet Settings\Zones\2
値の名前：2200
値の種類：REG_DWORD
値のデータ 00000003(無効) – 既定値
00000000(有効)