WPFにてアクティブなウィンドウが無い状態で引数のownerを指定せずにMessageBox.Show()した場合、メッセージボックスは非モーダルな状態で表示される。
通信等をトリガーにして通知を行う場合などで発生するケース。

参考: MessageBox.cs

モーダルな状態で表示するには、Window.Activate()でウィンドウをアクティブにしてしまうか、MessageBox.Show()の引数でownerとなるWindowを指定すれば良い。